همان گونه که در باره‌ی علت مرگ شاه تهماسب ابهام وجود دارد، در مورد محل دفن وی نیز که در ابتدا شبهه‌ای وجود نداشت، تردید به وجود آمد. این تردید مربوطه به زمانی است که شهر مشهد به تصرف ازبکان درآمد و ادّعای تخریب قبر شاه تهماسب به تلافی اقدامات شاه اسماعیل اوّل و هتک حرمت نسبت به قبور بزرگان اهل تسنّن مطرح گردید. صفویان در این هنگام تصمیم به توجیه سازی و ایجاد شک و شبهه برای انحراف افکار در رابطه با محل دفن شاه تهماسب برآمدند. در باره‌ی پیدایش این داستانسرایی‌ها می‌توان به همان اصل تاریخی که هیچگاه نباید صفات و رفتار ناپسند نسبت به زنده و مرده‌ی حاکمان صورت گیرد، توجّه داشت. تخریب قبر شاه تهماسب و عدم تحمل آن نیز از جمله عقاید تاری جدا بافته بودن از دیگران می‌باشد. این ادّعای مجهول تنها در مورد شاه تهماسب نیست، زیرا از قبل و بعد وی نیز بنا به موقعیّت زمان هرگونه تفسیر و خواب نما شدن‌ها را در جهت تثبیت و توجیه ریشه دار بودن صفویان و اهداف خود در تاریخ انجام داده‌اند. در این جا پرسشی مطرح می‌گردد که اگر شاه تهماسب آن قدر محبوب و مورد توجّه مردم بوده است که او را چون بت می‌پرستیدند و لباس و آب دستشویی او را برای شفا و تبرّک استفاده می‌کردند، چه لزومی داشته است که شبانه و آن هم به صورت مخفیانه اقدام به دفن جسد کنند؟ اگر عکس‌العمل ازبکان را پیش بینی کرده و از آن هراس داشته‌اند، چرا نسبت به اعمال شاه اسماعیل اول در تخریب و به آتش کشیدن جسد دیگران افتخار می‌کرده‌اند؟!

در روایت ذیل که سراسر آن به دروغ نزدیکتر می‌باشد به انحراف تاریخ پرداخته شده تا مبادا بی حرمتی به جسد پادشاه در اذهان عمومی شکل گیرد. در این رابطه لویی بلان در کتاب شرح حال شاه عباس اوّل می‌نویسد: « در آن زمان رویداد بزرگی اتّفاق افتاد که توجّه مردم کشور را به سوی دودمان صفوی جلب کرد. طی همان سال (۱۰۰۵ه ق/۱۵۹۶م) معلوم شد که محراب خان حاکم طبس جسد شاه تهماسب اوّل را که در سال ۹۹۸ه ق/۱۵۸۹م هنگام سقوط مشهد، به دست عبدالمؤمن خان ازبک افتاده و مدّعی شده بود آن را با طعن و لعن به باد داده است، در اختیار دارد. در پی انتشار این خبرِ هیجان انگیز محراب خان اطّلاعاتی را به دربار می‌فرستاد که همه را شگفت زده می‌کرد. بنا به گفته‌ی او جنازه شاه تهماسب بر خلاف عقیده‌ی مردم در کنار ضریح حضرت رضا (ع) دفن نشده بود و قبری که تا پیش از حمله‌ی ازبک‌ها و تسخیر مشهد، بر بالایش شمع‌هایی افروخته بودند و قاریانی به طور شبانه روزی در کنار آن قرآن می‌خواندند در اصل قبر واقعی شاه تهماسب نبوده بلکه جنازه‌ی او را در نقطه‌ی دیگری از مکان متبرّکه در سال ۱۵۵۷م به خاک سپرده شده بود. از این مکان واقعی نیز فقط چهار نفر در آن زمان آگاهی داشتند که عبارت بودند از علیقلی خان شاملو و مرتضی قلی خان پرناک که این دو مأمور دفن جنازه بودند و این کار را شبانه انجام دادند. دو نفر دیگری که شاهد دفن جنازه در نقطه‌ی مورد ادّعای محراب خان بودند میر سیّد مظفّر استرآبادی و میر سیّد صدر شوشتری نام داشتند. ضمناً دفن جنازه‌ی شاه تهماسب در شب و در نقطه‌ای مخفی به خاطر پیشگیری از حوادث ناگوار و جلوگیری از بی حرمتی به آن در صورت حمله‌ی ازبکان صورت گرفت.

علیقلی خان و مرتضی قلی خان و دو گواه دیگر بدرود حیات گفته بودند؛ لذا این پرسش مطرح شد که محراب خان چگونه از این واقعیّت آگاه شده است؟ ماجرا از آن جا آغاز شد که کمی پس از سقوط شهر مشهد عبدالله خان حاکم بخارا توسّط یکی از اهالی مشهد که از محل دفن واقعی جنازه‌ی شاه تهماسب آگاهی داشت، به اشتباهی که پسرش در نبش قبر و خارج کردن جنازه مرتکب شده بود پی برد، لذا برای جبران این اشتباه و یافتن جنازه‌ی شاه صفوی یکی از وفاداران خود به نام دوستم بهادر را مأمور کرد. او وظیفه داشت به مشهد برود و جنازه‌ی واقعی شاه تهماسب را که توسط خدای نظر حاکم ازبکِ مشهد، در کیسه‌ای قرار داشت و به خوبی مهر و موم شده بود تحویل بگیرد. دوستم بهادر پس از رسیدن به مشهد با راهنمایی همان فرد مشهدی آگاه به قضیّه، جنازه‌ی شاه تهماسب را از زیر خاک بیرون آورد و در کیسه‌ای قرار داد. از سوی دیگر یک مشهدی دیگر به نام رضا قلی بیک از ماجرا آگاه شد. او که از این بی حرمتی به جنازه‌ی شاه صفوی وحشت زده شده بود، دوستم بهادر را تشویق کرد تا جنازه را تحویل قزلباشان دهد و مطمئن باشد که در قبال این کار پاداش شایان توجّهی دریافت خواهد کرد. دوستم بهادر با پیشنهاد رضا قلی بیک موافقت کرد و در نتیجه آن دو، جنازه را شبانه از مشهد بیرون بردند و به محراب خان قاجار پناه بردند و او بدین ترتیب از قضیّه آگاهی یافت. این داستان هر چند با نا باوری مردم به ویژه اهالی اصفهان و قزوین که پیش از دیگر شهرها از ماجرا آگاه شده بودند رو به رو شد و آن‌ها اعتقاد داشتند جنازه‌ی شاه تهماسب در همان نقطه‌ای بوده که سال‌ها بر بالای آن شمع افروخته می‌شد، امّا دربار شاهی داستان را پذیرفت و شاه عباس دستور داد جسدی را که دوستم بهادر از مشهد خارج کرده بود جنازه‌ی واقعی شاه تهماسب دومین شاه صفوی بدانند و با انجام مراسم و طی تشریفات خاصّی آن را در گورستان اصفهان معروف به امام علی زین‌العابدین (ع) به خاک سپردند.»[۱]